Le Conseil Scientifique assure la liaison entre les deux missions fondamentales de l'Université :
l'Enseignement et la Recherche

Il est notamment consulté sur la qualification à donner aux emplois d'enseignants chercheurs vacants ou demandés, sur les programmes et contrats de recherche proposés par les composantes de l'Université et sur le contrat d'établissement.

Par des actions concrètes, notamment la mise en place d'un cycle de conférences, l'élaboration de critères objectifs de prise de décision ou l'amélioration de l'accueil des chercheurs étrangers, le Conseil Scientifique participe à l'excellence de la recherche, contribuant ainsi au rayonnement international de l'Université Toulouse 1 Capitole.