Le président de l'université est élu à la majorité absolue des membres élus du conseil d'administration parmi les enseignants-chercheurs, chercheurs, professeurs ou maîtres de conférences, associés ou invités, ou tous autres personnels assimilés, sans condition de nationalité. Son mandat, d'une durée de quatre ans, expire à l'échéance du mandat des représentants élus des personnels du conseil d'administration. Il est renouvelable une fois.

• Il est chargé de diriger l'Université, dont il est ordonnateur des recettes et des dépenses.
• Il a autorité sur tout le personnel.
• Il est responsable du maintien de l'ordre.
• Il est assisté par les vice-présidents des trois conseils elus et par un bureau élu, sur sa proposition, par le conseil d'administration.

Enfin les missions sont créées par le Président pour répondre à des besoins particuliers de l'Université. Ces structures sont dirigées par un chargé de Mission nommé par le Président. Les missions disposent d'un budget propre et sont rattachées à l'administration de l'Université.

L'université a élu son nouveau président le 27 juin 2008, Bruno Sire, qui a pris ses fonctions le 1er septembre 2009. Consultez l'article consacré à cette élection dans le « spécial édition » UT1 Magazine 102 bis.